上一部中，超级电脑“天网”阻止人类抵抗领袖约翰·康纳诞生的行动失败，时隔13年后，在“审判日”到来之前，“天网”派出了更加先进的生化机器人T-1000（罗伯特·帕特里克 饰）从公元2029年回到洛杉矶追杀已经长大的约翰，与此同时，约翰也派出了机器人T-800（阿诺· 施瓦辛格 饰）回去保护年幼的自己。

　　500英尺的海面之下，美国海军弹道导弹核潜艇科罗拉多号接到从加密频道传来的信息：命令他们向巴基斯坦发射核导弹。这个频道通常只在美国本土遭到核打击时才会使用。指挥官Marcus上校（安德鲁·布劳尔 Andre Braugher 饰）要求确认命令，白宫突然下令解除他的职务。副指挥官Sam（斯科特·斯比德曼 Scott Speedman 饰）接管了这艘潜艇，但他一样拒绝在未得到确认命令的情况下发射核弹，美国政府立即宣布科罗拉多号全体船员已经叛变，下令美军舰队对其实施打击。尽管他们逃过一劫，但科罗拉多号遭受重创，不得不逃向太平洋腹地。指挥官驾驶这艘载有24枚核弹头的战争机器躲过美国军方的追捕逃到太平洋上的圣玛丽娜岛，夺取了北约组织在那里设立的监听站，宣布成立世界上最小的有核国家。消息传开之后举世震惊，美国国内的政治家们如坐针毡，发誓要采取一切手段消灭这个可怕的威胁......

《红色派系：起源》的故事将沿用游戏的背景和人设：自Alec Mason带领火星殖民地重获自由已经过去了25年，而他的妻子被杀，女儿Lyra被绑架也过去了12年，Alec自那时起便已是一名破碎的英雄。他剩下的唯一的儿子，Jake Mason，现在已经成为了红派民兵(Red Faction Militia)的军官，当他发现12年前被绑架的妹妹至今还活着时，他的世界被颠覆了。 　 即使有新的敌人蜂拥至火星，但Jake依旧决定去寻找他的妹妹，但他发现Lyra现在却成了敌对势力的一员，一个冷血的战士，发誓要毁掉红派(Red Faction)。Kate Vernon将饰演The Matriarch，入侵者的族长。