数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

讲述可自由变换与行动的12只谜样深悟，与来自地狱的使者共同出现在人间界，住在人类三姊妹的家中秘密实行将人间界变成地狱的计划。

电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。
　　少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河......
　　鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。
　　因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。
　　在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......

因幡洋（取访部顺一 配音）的前身是一只警犬，经过特殊途径被繁殖出来的他拥有着近似于人类的外表以及野兽般灵敏的直觉和动作。目前，因幡洋经营着他自己的事务所，担任私家侦探的职务，而他所作的这一切只有一个目的——找到自己失踪的弟弟因幡遥（斋贺弥月 配音）。
　　在老搭档荻野邦治（森川智之 配音）的影响下，洋莫名其妙的被卷入了意大利黑手党的纠纷之中，为了根除他们控制日本的庞大野心，洋带着他的两个年轻助手野崎圭（入野自由 配音）和佐佐木优太（下田麻美 配音），同荻野一起与罪恶的瓦伦蒂诺家族展开了斗争。与此同时，在黑手党组织里，洋意外的发现了弟弟的行踪，这背后究竟隐藏了怎样的阴谋呢？

存在于分为13个自治区的王国中的，巨大统一组织“ACCA”。 由于过去的政变危机而结成的ACCA，已持续守护了国民的和平百年之久。 ACCA本部监察课副课长吉恩·奥塔斯，是个有着“蹭烟的吉恩”这一绰号的、组织里头号难对付的男人。 他一边漫不经心地抽着烟，一边走遍13区进行对不法行为的视察。 盯上这样的吉恩的视线、危险的传闻以及——点心时间。 吉恩的和平日常，慢慢被卷入世界的阴谋！