2130年，受第三次世界大战的影响，日本各地均出现了被称为“BS（Black Spot）”的巨大污染区域。“BS”被作为废墟用巨大墙壁隔离，然而不久，这荒芜的大地出现了居民。他们被住在“城市（City）”里的人称为“无用者（Needless）”，而当中也有特殊能力者存在。

故事的开端是名为库鲁斯·西尔特的少年，他与他的姐姐亚路佳·西尔特所属的反抗组织的目标是从西美翁的暴力统治中解放“BS”。在一次埋伏亚当·阿库莱特的战斗中反抗组织被反埋伏且被全数攻破，在逃亡过程中库鲁斯的姐姐因保护弟弟不幸阵亡，库鲁斯只身一人逃进地下水道。眼看追兵将至，已放弃希望的库鲁斯遇到了与阿库莱特相貌及其相似的亚当·布雷特，后者将他救出，后库鲁斯和布雷特后来来到了教会，并且遇见了众多同伴，以此为契机，库鲁斯开始了在教会的生活和战斗。