在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。

从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。

1800年前，中国流传着一种古老的拳法——北斗之拳。该拳法以人体内部穴道为打击对象，由内至外达到毁灭对手的目的。为了防止武功外泄，北斗之拳向来一子单传，只有真正的强者才可成为拳法的继承人。至琉泉一辈，他收养了三个养子，分别是拉奥、托奇和健四郎，北斗之拳终于迎来1800年来最强的时代。与此同时，地球上愚蠢的统治者发动无休止的战争，最终导致人类文明毁灭，世界堕落到暴力至上的时代。在乱世之中，三兄弟以不同的方式展开了波澜壮阔的人生……