1800年前，中国流传着一种古老的拳法——北斗之拳。该拳法以人体内部穴道为打击对象，由内至外达到毁灭对手的目的。为了防止武功外泄，北斗之拳向来一子单传，只有真正的强者才可成为拳法的继承人。至琉泉一辈，他收养了三个养子，分别是拉奥、托奇和健四郎，北斗之拳终于迎来1800年来最强的时代。与此同时，地球上愚蠢的统治者发动无休止的战争，最终导致人类文明毁灭，世界堕落到暴力至上的时代。在乱世之中，三兄弟以不同的方式展开了波澜壮阔的人生……

神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。