由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。
　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。 

　　动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。

　　幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。
　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。
　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，
　　理树则开始了寻找成员的任务。
　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。
　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。
　　经历了许多快乐的事情，
　　同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。
　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。
　　——然而，这并不是结束。
　　和来谷唯湖之间的故事。
　　理树与铃的故事。
　　以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。
　　Little Busters真正的物语，自此开始——。

　　新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。
　　少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”
　　我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……