魔界的某个国家，勇者凭借一己之力击败了魔王。

花畑佳子（悠木碧 配音）是一个实实在在的笨蛋。不仅学习力为零，常常收获零分的考卷，在生活中，也是个完全不认路，总是莫名其妙惹出各种各样麻烦的问题人物。可是，佳子虽然脑袋笨，却拥有一颗闪闪发光的善良的内心。阿久津明（杉田智和 配音）和佳子刚好相反，他拥有绝顶聪明的头脑，却不擅长一切和运动有关的事情。是他一直陪伴在佳子身边，照顾着她的学习和生活。

平凡的女高中生神无希（Lynn 配音）出生在贫困的家庭之中，为了能够赚钱补贴家用，身为体操运动员的她决定参加一项名为“竞女”的比赛，女孩子们身着泳装，搭载着漂浮在水面上的泡沫板，以自己的身体为武器，依靠撞击或推搡来使对手跌落水中，获胜的选手将获得巨额奖金。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。