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故事讲述住在冲绳离岛上的桥本骏(村田 配音)，结识了失去父母的孤独高中生知花实央(松冈 配音)，两位少年成了好友。实央为了快点成长为大人，决定离开本岛，两人渐渐断了联系。3年后，实央却再次出现在骏的面前，还大胆告白。

经过1800年的岁月洗礼，源自古老中国大陆的暗杀拳——北斗之拳终于迎来最强盛的时刻。掌门人琉泉收养的四位养子：拉奥、托奇、加基和健四郎经受住无数磨练，早已锻炼出强壮之躯。为了防止武功外泄，千百年来北斗之拳都严守着单子相传的铁规。面对四个强大的养子，琉泉最终选择更具悲悯之心的健四郎为继承人。这一决定，也导致了四兄弟的分道扬镳。与他们一同长起来的，还有自幼失去父母的尤莉亚。尤莉亚对健四郎心有所属，情愿与之绝走天涯。尤莉亚圣洁、美丽，不仅健四郎为之倾倒，拉奥、托奇甚至南斗水鸟拳的殉也深爱着她。也由此，这群末世英雄谱写了一段段悲壮感人的传奇诗篇……

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。