由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。
　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。 

　　幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。
　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。
　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，
　　理树则开始了寻找成员的任务。
　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。
　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。
　　经历了许多快乐的事情，
　　同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。
　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。
　　——然而，这并不是结束。
　　和来谷唯湖之间的故事。
　　理树与铃的故事。
　　以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。
　　Little Busters真正的物语，自此开始——。

森宫依人是个喜爱着天空的普通高中一年级学生。石月真名是个活泼开朗的少女，同时也是依人的同学。真名的妹妹小依是小学二年级的学生，但因为身体状况不是很好，所以一直在一家可以看到大海的医院中住院。在这家医院中，小依遇到了依人的姐姐，名为森宫苍乃的女孩。

这一天，是苍乃的生日，依人和真名一起去医院探望苍乃和小依，四个人愉快的嬉戏着。此时，神秘男子辻堂刚史与身着歌特萝莉服装的少女神河茧子在为了一个目的的共同旅行中来到了这个小镇。

少女四方茉莉在街道的教会中独自地生活。在某日的凌晨四点，在美丽的海滨自然公园中，茉莉与正准备拍摄天空照片的依人偶然相遇了。少年与少女的相遇，拉开了不思议事件的序幕……