在一个风雨交加的晚上，一伙神秘的人策马狂奔向下田村的方向，之后这个村子就爆发了一场瘟疫，所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下，甲贺组众忍者前往该村调查，不料路上遇到一个刀枪不入的彪形大汉的袭击，只有忍女阳炎（筱原惠美 配音）在一个男子的帮助下虎口逃生。帮助阳炎的这个人 就是牙神兽兵卫（山寺宏一 配音）， 不久之后他中了那个大汉的埋伏，两人一场血斗，最后兽兵卫险胜。这时一个自称是将军手下公义的小老头浊庵（青野武 配音）出现在兽兵卫面前，原来被杀死的大汉是鬼门八人众之一，将军对头的手下，浊庵等公义一直在跟踪他们，但其他公义都被杀了，只有浊庵一直跟踪到这里。浊庵的连哄带骗加诡计，以一百两雇兽兵卫协助他掉查此事，而且据他说鬼门八人众的头是已经被兽兵卫亲手杀死的冰室弦马（乡里大辅 配音），难道死人还能复活？在与鬼门八人众的交手中，阳炎再次出现并且救了兽兵卫，...

连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。