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小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日,博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板,并因此惹祸上身下落不明,留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字,竟然幻化成为了强大的“未知图腾”,为了抚慰小美孤单的心灵,未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中,随着时间的推移,小美曾经的家被结晶包围,成为了一座结晶塔,而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。 为了满足小美“想要妈妈”的愿望,未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中,迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途,然而,小美的心智早已经被污染殆尽,在她的眼中,小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。
照常进行修业之旅的小智(松本梨香 配音)、小刚(上田祐司 配音)、小霞(饭塚雅弓 配音)一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说,在很久很久以前,岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹,当邪魔出现时,两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯,他们击败邪魔,并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日,神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹(释由美子 配音)的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯(折笠富美子 配音)时遭遇小智并受挫,贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。