这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。

近未来的日本，一个叫做“疏濑”的城市中，市民过着平凡的生活，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。