故事开始之初，自恐龙时代就一直沉睡在地球深处的穴居人皮克尔在现代突然复活。皮克尔徒手杀死了比自己大很多倍的恐龙，并以之为食，现在成为了一名拥有超凡战斗能力的战士。刃牙能否战胜皮克尔，并与他的父亲范马勇次郎进行最终决战？

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要想超越强大的父亲，刃牙可还得精进技巧。为此他踏进亚利桑那州立监狱，与恶名昭彰的囚犯「关不住的男人」一较高下。

愚蠢的人类被贪婪所驱使，按下了那枚摧毁文明的按钮。浩劫过后，人类世界退回到暴力血腥的原始阶段，而在这混乱的世道中，拉奥所统领的拳王军所向披靡。当初，拉奥作为大师兄，曾和健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法，始终奉行着唯一继承人的准则。拉奥虽然实力雄厚，却始终缺乏健四郎的悲悯之心。当后者成为北斗神拳的继承人化身为救世主时，拉奥转而走上更为黑暗的道路。当拳王军的铁蹄已经统治这个国家之时，南斗自由军揭竿而起，并邀请健四郎一同对抗他的宿敌——拳王拉奥……

经过重重磨难，健四郎和尤莉亚终于迎来相聚的一刻，但是他们的时间所剩无几，在尤莉亚的请求下，健四郎开始讲述这些年来的故事：作为最强杀人拳——北斗之拳的唯一继承人，健四郎和爱人尤莉亚正准备展开新的生活。然而适值乱世，愚蠢的统治者亲手毁灭了原本的文明，活下来的人为了生存而选择暴力，杀戮成为当下的唯一准则。健四郎和尤莉亚遭遇南斗水鸟拳的阿殉，为了得到心爱的女人，阿殉不择手段，更在健四郎的胸口留下七个伤疤。痛失爱人，健四郎迎来生命的第一重磨难……

白色斗篷、高礼帽，单片夹鼻眼镜。出现在午夜的高楼，留下拿走宝石的通知函。这是我们熟知的怪盗基德。在《名侦探柯南》里，他是不亚于工藤新一和江户川柯南的明星人物。而他的真实身份则是高中生黑羽快斗（山口胜平 配音），为了调查父亲的失踪事件，扮起了父亲之前扮演的角色——怪盗基德，希望引出神秘组织的出现，进而调查出事情的真相。