独眼男孩久保（阿特·帕金森 Art Parkinson 配音）和身体孱弱的母亲过着相依为命的日子。白天，久保靠着给村民们讲述怪力乱神的精彩故事赚钱，天一黑，他就必须回到家中照顾母亲。一天，久保回家晚了，曾经夺走了久保一只眼睛的邪恶姐妹（鲁妮·玛拉 Rooney Mara 配音）来到久保家，企图夺走他的另一只眼睛。在混战中，久保的母亲死去了，死里逃生的久保被迫离开村庄，在外流亡。

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……