在这个科技飞速发展的时代里，想要解读人类脑中残留的影像早已不是一件难题，一个专门利用此项技术侦破案件的组织——第九研究室应运而生。在室长薪刚（关智一 配音）的带领下，身强体壮的青木一行（浪川大辅　配音）、心理学者天地奈奈子（野中蓝 配音）等精明强干的队员们利用各自的能力破解着一桩又一桩扑朔迷离的案件。

　　虽然技术让破案变得更加迅速和简单，但其中涉及到的有关隐私和权利的部分一直都处在道德的灰色地带。同时，每日面对着被害者死前目击到的残酷影像，要如何在工作和生活之间划上清晰的分界线也成了组员们要面对的一大难题。

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。

　　魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

备长炭（野中蓝 配音）是一个身材娇小的蓝发少女，身着传统和服的她独自一人居住在林中的老屋之中。虽然独自生活有时会觉得孤独，但个性单纯开朗又勤劳的备长炭还是决定好好的珍惜每一天的时光。
好在孤独的日子不算太久，很快，备长炭的身边就聚集了一群同样可爱的朋友们，她还让出生在深宅大院的栎炭（野川樱 配音）明白了自己的命运应该由自己来掌控的道理。除此之外，胆小但聪明的竹炭（门胁舞 配音），其妹竹林（福圆美里 配音），天然呆桉树炭（中原麻衣 配音），无论哪方面看来都十分普通的芦荟（斋藤桃子 配音）还有傲娇可爱的莲炭（佐藤利奈 配音），她们都将备长炭看做自己不可缺少的朋友。在深林小屋中，备长炭快乐一天又开始了