神之谜题是以解谜为题材的原创动画，舞台是私立学院学员高等部，主人公是对谜题十分着迷并自信逢谜必破的高一学生大门。有一天，他受到学生会长邀请，同青梅竹马少女野叶一起前往学校附近的遗迹解“不能解开之谜”

　　白明与御子地。
　　住在绿意盎然的森林中的，两位小小的女孩子。
　　在树洞里建造家、把树叶当做伞、坐在昆虫或鸟的背上……
　　身高9厘米的话，这种事情也是能做得到的。
　　不去悄悄地偷看一下吗？
　　她们那安详而愉快，十分可爱的生活。