1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金 田的职业高中学生。
　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。
　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化

在宇宙的神秘角落，令界王神都闻风丧胆的可怕神明悠悠苏醒。他是破坏之神比鲁斯（山寺宏一 配音），漫长的39年沉睡中，比鲁斯梦见与传说中的赛亚人之神对决，而弗利萨被消灭的消息也引起了他对赛亚人的兴趣。为此，他和随从维斯（森田成一 配音）来到了界王星，寻找打败弗利萨的孙悟空（野泽雅子 配音）。孙君不顾界王（八奈见乘儿 配音）的劝阻，斗胆向比鲁斯发起挑战，结果遭遇实力悬殊的惨败。为求赛亚人之神的真相，比鲁斯再度造访地球。此时Z战士们正齐聚西部城市为布玛（鹤ひろみ 配音）庆生，派对上的美味食物引起比鲁斯和维斯的极大兴趣。事先知情的贝吉塔（堀川りょう 配音）小心应付，以防破坏之神毁灭地球，但是意外与战斗还是不可避免地发生了……
　　传说中的赛亚人之神是否真的存在？地球的命运将会如何？