大选终于结束了，选民已投下神圣的一票，连任的巴特勒执政团队在本季展开野心勃勃的第二个任期，巴特勒的执政团队自有一套议程及使命，但历史潮流却处处和他们作对。

当HYDRA的秘密不再是秘密之后，该剧便可以全力在这方面展开剧情了。在第二季中，新任神盾局局长Coulson和他的团队成了「通缉犯」，HYDRA组织仍在追杀他们，而且能够调动的资源已经非常有限，但那不会阻止他们继续「为世界的和平与安全而战」——毕竟已知的和未知...