新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。

《机动战士高达 THE ORIGIN》系列的第6作。继续讲述了因父亡故而变成孤儿的卡斯巴尔与阿尔黛西亚，在动荡大时代的洪流之中，面临的又一场人生巨变……标题中的“赤色彗星”便是夏亚·阿兹纳布尔的称号。由于夏亚的机体无论是扎古、大魔，还是后来的沙扎比等都是红色的，夏亚操纵 这些机体风骚地驰骋在战场上，故被敌人称作“赤色彗星”。