故事发生在遥远的2061年，网络成为了维系社会平衡不可或缺的存在，并且已经发展到了凭借意识就能够自由连结的地步，然而，网络的极度发达带来的却是个人信息的不断泄露和被篡改，并且因此而引发了一系列严重的社会问题，犯罪事件频发。
　　为了保护个人隐私和安全，一个名为“Meta Real Network”的新型网络空间被发明了出来，在那里，名为“Bubble Shell”的防火墙保护着人类的记忆不受侵犯，然而，在这绝对安全的空间里，却有一批犯罪分子利用网络空间的漏洞进行着全新模式的犯罪，为了将这些罪犯捉拿归案，名为“电脑Diver”的探员们出动了，在解决事件的同时，探员们亦在慢慢靠近真相的核心。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。                                                                    令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南

很久很久以前，曾流传着这样一个传说：世界各地散落着七颗龙珠，只要集齐这些珠子，就可召唤出神龙，而神龙可以帮助你实现任何一个愿望。住在深山中的小悟空本领高强，偶然的机会他随时尚少女布尔玛走出大山，四处...