在播磨，武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里，还有武田尚虎率领的武田武士团，与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳，以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。
　　在各种想法翻涌的涡旋之中，武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇，则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的，是一场前所未有的激战。

日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。