突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。

现实生活中，大雄（小原乃梨子 配音）经常受到老师和妈妈的责骂，还常被小夫（肝付兼太 配音）、胖虎（立壁和也 配音）欺负。他无时无刻不在梦想成为胆识过人、实力强大的超级英雄。为了帮心情低落的大雄一圆英雄梦，哆啦A梦（大山のぶ代 配音）拿出造梦机器。经过一番挑选，大雄鬼使神差地选择了《梦幻三剑士》的剧情。在精灵西露可（山本道子 配音）的引领下，大雄来到了梦中的亚米鲁曼王国。在这里，他被称为银剑客诺比尼亚，宿命中将要推翻妖灵大帝奥特罗姆对亚米鲁曼王国的统治，他还遇到小夫和胖虎模样的剑客斯内密斯、贾托斯。他们联手向妖灵军团发起冲击，而在这一过程中，现实和梦境的界限渐渐混淆……