不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。

西西莉亚（伊丽莎白·莫斯 Elisabeth Moss 饰）再也想不到，曾经将自己迷得神魂颠倒的英俊男人阿德里安（奥利弗·杰森-科恩 Oliver Jackson-Cohen 饰），如今会成为噩梦的始作俑者。在和自己恋爱后没多久，阿德里安便开始对西西莉亚进行精神和肉体上的双重控制，终于，忍无可忍的西西莉亚在一天深夜用安定将阿德里安迷晕，成功的逃出了魔窟。

JR（布兰顿·思怀兹 Brenton Thwaites 饰）是一个整日里游手好闲，不务正业的小混混，因为偷窃，他被抓进了监狱，该监狱位于澳大利亚西部，是当地臭名昭著的恶棍聚集地。在监狱里，JR的人生走向了他未曾设想过的道路，遭到了其他囚犯狂风暴雨般的摧残和虐待，直到大佬林奇（伊万·麦克格雷格 Ewan McGregor 饰）实在是看不下去，挺身而出，将JR收为了自己手下，JR悲惨的日子才画上了句点。

因为找到一份新工作，西蒙·卡勒姆（杰森·贝特曼 Jason Bateman 饰）带着从事绘画设计工作的妻子萝宾（丽贝卡·豪尔 Rebecca Hall 饰）来到加州居住。西蒙的事业小有成就，夫妻俩和谐融洽，生活无忧无虑。在购物时，西蒙偶然重逢高中同学戈多（乔尔·埃哲顿 Joel Edgerton 饰），两人简单交谈后挥手告别。未过几天，戈多不请自来为夫妻带来了小礼物，当晚三个人共进晚餐，不过西蒙感觉并不十分愉快，显然他不太喜欢这个始终那么古怪的同学，相反萝宾倒有些欣赏这个热心的男子。在一次小的波折过后，西蒙终于决定张口要和完全不属于同一个世界的戈多绝交。