成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。                                                                    不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，                                                                    栖息着奇妙奇怪的生物们，