探员蒋浩华（甄子丹 饰）因办案手段凌厉大胆常受上峰批评，最近接到外派任务，赴菲律宾接回证人苏权，由于苏权一案牵涉蒋浩华杀妻仇人狄克（张耀扬 饰），蒋浩华严阵以待，但还是被狄克抢得先机。出师不利的蒋浩华决定孤身滞留菲律宾，与当地探员艾度合作查案。狄克是菲律宾颇有权势的卡先生之得力助手，近几年狄克借各种违法交易中饱私囊，逐渐开始挑战卡先生地位。蒋浩华依线索调查狄克与卡先生团伙，不料引起对方连串报复，菲律宾警员比利遇害，对狄克的追捕也以失败告终，菲律宾警方无奈将蒋浩华驱逐，几乎与此同时，狄克与卡先生的矛盾公开化，蒋浩华不顾菲律宾警方的通缉，要与取代卡先生的狄克做最后了结。

政治部警官任达华，在追查一宗军火案时，怀疑机场海关货仓主管苗侨伟为案中内鬼，苗被停职调查，后更被杀。

大内库藏武功秘笈《葵花宝典》失窃。东厂主管太监古今福（刘洵 饰）率千户欧阳全（张学友 饰）等，南下调查辞官锦衣卫林镇南，同时收用“五岳盟主”左冷禅（元华 饰）外围策应。华山派大弟子令狐冲（许冠杰 饰）与师妹岳灵珊（叶童 饰）奉师命增援林镇南，无奈两人实力不济，领得林镇南遗嘱后遁走，二人于路先后巧遇顺风堂堂主刘正风（午马 饰）、日月神教长老曲洋（林正英 饰）、华山派风清扬，获传《笑傲江湖》曲谱和独孤九剑。

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