幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。

故事始于山王联合会。以总长眼镜蛇为首，大和、阿檀、阿铁等个性十足的成员集结于山王联合会，几人的脑海中只有一个念头，就是守护这个街区。而在他们几个守护街区和平、努力避免不必要的冲突之人面前，出现了一名男子。而事态则因这名男子发生了巨大的变化，SWORD的平衡将被打破…

某大财团财阀之子久喜文宏，在11岁那年被父亲（村井国夫 饰）告知，他来到这个世上的目标就是要被打造成为足以给世人造成巨大灾难的极致之恶。为了让儿子完成蜕变，恶毒的父亲竟不惜玷污少年的初恋女孩香织。危机时刻，少年杀死了父亲，逃遁失踪。十几年后，长大了的文宏（玉木宏 饰）改头换面，以新谷弘一的名字展开新的生活。他千方百计找到香织（新木裕子 饰），从此逡巡在对方身边，为了保护香织不惜再度杀人。未过多久，知晓弘一过往人生的同父异母哥哥久喜干彦（仲村达也 饰）与策划颠覆日本的恐怖分子伊藤亮祐（吉泽亮 饰）勾结在一起，他们更将目标锁定在香织身上。弘一不得不与自己的过去以及黑暗的命运做个了断……