2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。

死を知り、死を見つめ、死と向き合う。さまざまな出会いと別れを繰り返し、その度に、成長を遂げてきた結城理と仲間たち。その戦いは、世界のためではなく、自分自身のためだったのかもしれない。それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、理が下す決断とは……。

日本战国时代末期，各路诸侯连年征伐，战火不断，致令饿殍遍野，生灵涂炭。一代霸主丰臣秀吉死后，旧有的丰臣家族和德川家康发动了夺取天下的战争。为了有效摧毁对手，德川下令组建了武功高桥的杀手集团，在这些人中间，唯一的少女阿墨（上户彩 饰）正是其中的佼佼者。继加藤正清、浅野长政之后，真田昌幸（平干二朗 饰）便是德川家族天下制霸的最后阻碍，而此番阿墨也将其作为最后的刺杀目标。无休止的杀戮，让这个没有笑容的少女早已厌倦，当在一次的争斗开始时，她却邂逅了那个与死去恋人长得一模一样的敌军武士银角（小栗旬 饰）。
　　阿墨的命运由此变得扑朔迷离…