金田一一（道枝骏佑饰）祖父是名侦探金田一耕助，是一位天才高中生侦探，用超过IQ180的头脑解开了充满难解之谜的杀人事件。平时是个充满热情的高中男生，事件发生后，会与青梅竹马的七濑美雪（上白石萌歌饰）、警视厅搜查一课的剑持警部（泽村一树饰）一起，揭开大胆而缜密的诡计，追查犯人们可悲的动机。

本片改编自推理小说家知念实希人的同名小说，背景设定在被铁栅栏封闭的原精神科医院，讲述在监狱里发生了监禁64名身份不明的住院患者和职员的事件，被牵连的速水(坂口饰)在医院内接连遇到不可思议的事情，并试图逃出的故事。

刑事案件的审判有罪率99.9%——在绝对不可能反转的状况中，拘泥被留下的0.1%的可能性追求事实！
在日本如果被起诉，99.9%会被判有罪！但是古怪的深山大翔认为只要找出真相，纵使清白机率只有0.1%就有逆转翻案的可能.

东京和纽约，接连发生两起利用病毒Wizard制造的爆炸事件，该病毒的开发者亚历山大·卡罗琳娜·圆（堀北真希 饰）被人称作天才少女，而她正是冒失鬼ATARU（中居正广 饰）当年的旧相识。警视厅迅速成立搜查总部，冷峻干练的女性管理官星秋穗（松雪泰子 饰）亲自坐镇，指挥搜查的进行。谁知FBI带着ATARU突然介入，日美共同搜查总部旋即结成。就在此时，本已离职并经营起自己的侦探所的蛯名舞子（栗山千明 饰）也掺合进来。小圆锁定了罪虐深重的人，对他们展开了缜密的追杀。但其超高的智商，让日美警方全然摸不清头脑。
　　ATARU、舞子、泽俊一（北村一辉 饰）这组最佳搭档再度碰面，他们能否携手击败这名史上最强的对手？