故事发生在1941年的中国，蓝之冰（吴奇隆 饰）和曾洁茹（刘思彤 饰）夫妇是著名的数学家，两人带着儿子蓝天在欧洲学习生活。一次偶然中，夫妻两人竟然破译出了日军的电报密码，带着这份重要的情报，一家三口决定回国，将情报上交组织。

话说故事发生在五百年前的大明朝，巍巍京师，人头攒动，摩肩接踵，好一派盛世繁华的景象。在京城一隅经营着一家天和医馆，馆主陈幕禅（杨皓宇 饰）以专治疑难杂症而享誉京城，但是他却有一个不为人知的身份，那就是西厂的特务。某天，陈幕禅突然失踪，志愿成为御医的学徒朱一品（陈赫 饰）得到一个关系重大的卷轴。家庭变故让大小姐陈安安（张子萱 饰）伤心不已，而卷轴的出现则让一品、师兄弟赵布祝（佟磊 饰）、陈安安卷入了前所未有的风波中来。分别隶属东厂和西厂的两大高手杨宇轩（王传君 饰）和柳若馨（姜妍 饰）相继潜入天和医馆，在钩心斗角、尔虞我诈的同时，也衍生出一段有一段剪不清理还乱的儿女情长戏码……