第 3 季的故事背景设定在上世纪 90 年代，毒品生意的全球化被点燃之际，探讨了费利斯被捕后爆发的战争。当新独立的贩毒集团在政治动荡和不断升级的暴力中挣扎求生时，新一代墨西哥毒枭横空问世。但在这场战争中，真相总是无迹可寻，而每一次逮捕、谋杀和劫掠都只会让真正的胜利离我们越来越远…

《毒枭：墨西哥》第 2 季继续讲述米格尔·安赫尔·费利斯·加拉多的故事，他现在是墨西哥第一大贩毒集团（瓜达拉哈拉贩毒集团）的教父，一直在努力保持对各方势力的掌控，发展自己的帝国，在成为教父的路上不断调和所面对的背叛与牺牲。随着贩毒集团不同“广场”之间的摩擦加剧，费利斯对局势的掌控也随之减弱。同时，贩毒集团手上的血债（缉毒局探员奇奇·卡马雷纳之死）和腐败的政治家在墨西哥引发了一系列因果报应。由坚定的缉毒局探员沃尔特·布列斯林领导的“莱茵达行动”并不总是按常规出牌，且矛头直指费利斯·加拉多和他的心腹，进一步导致了贩毒集团的不稳定和动荡。

Jonathan Fall是一位心地善良但很菜鸟的船长，他无意中发现自己是在为一个可怕的国际犯罪集团掌舵一艘走私船，该集团利用他作为替罪羊，以防当局的追捕。

巴里（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）是隶属于美国航空公司的一名飞行员，长期遭受公司压榨的他被中情局特工蒙迪（多姆纳尔·格里森 Domhnall Gleeson 饰）招募，蒙迪将巴里派往南美洲，进行秘密的任务。