故事发生在明朝时期，李时珍（赵丹 饰）因其高明的医术和高洁的品格而获得了百姓们的爱戴和认可。楚王邀请李时珍进宫给王子治病，令宫廷御医们手足无措的古怪病症在李时珍的手下化为乌有。李时珍获得了进入太医院深造的机会，可是他提出的唯一要求，就是请求楚王重修本草。

清朝末年，腐朽的清政府对人民征收沉重的赋税，人民民不聊生。山东堂邑县农民宋景诗举行了抗捐起义的大旗，他领导的黑旗军与白莲教、捻军并肩作战。恶霸地主杨鸣谦、王二香派手下王占鳌带领柳林团向黑旗军发动了进攻，清军将领胜保也在围剿黑旗军，一时，黑旗军危机四起。宋景诗为了保存战斗实力，向清军诈降。