经历了八年抗战和国共内战，古老的中华大地终于迎来了黎明的曙光，作为全国金融中心，1949年的上海为一片洋洋喜气所笼罩。然而欢庆的背后，不敢落败的国民党派出大批特务潜入上海，企图趁政权未稳之际实行破坏活动，其中以管理保密局特务组织光复社德中将社长陈恭鹏（钱雁秋 饰）最为殷勤，他指示特务、奸商和青帮大肆进行银元投机和伪钞印刷，对上海乃至全国的金融市场造成极大破坏。为此，上海军管会着手实行了整顿经济的铁流行动，中共特纵特务营营长燕双鹰（张子健 饰）便在此时临危受命。

《神探狄仁杰》由《使团惊魂》、《蓝衫记》和《滴血雄鹰》三个各自独立又息息相关的故事组成。《使团惊魂》讲述武周年间，突厥战争结束，举国上下迎接突厥议和使团的到来。然而就在使团逗留期间，京城接连突发了几件举国震惊的大案。严峻的内忧外患令武则天（吕中饰）忧思如焚，急调狄仁杰（梁冠华饰）进京火速破案。《蓝衫记》中狄仁杰与护卫李元芳（张子健饰）正在乡间暗查民情，然而一起一天内连发两起命案的案件引起了他们的注意。《滴血雄鹰》则由一幅用鲜血图画的滴血雄鹰引出。

对越自卫反击战期间，我“闪电”小分队在队长刘凯华（杜振清 饰）带领下，潜入敌后，准备消灭敌人的“神秘炮群”。越军特工队长曾在我国受训，得知我分队行动计划后，立即作出相应布署。小分队巧妙摆脱越军追击，并救出被越军追杀的傣族妇女月梅（张玲 饰）。当闯敌桥头要塞时，敌我展开生死角逐。深夜，月梅惊飞林中宿鸟，小分队落入敌早已布置好的陷阱，后经拚死博杀突出重围。此时月梅暴露敌特身份，企图逼我就范。刘凯华设计降服了她，在其挣脱窜出山洞时，被越军误杀。我分队队员姜元（孙海英 饰）、李久鸣（陈晓雷 饰）也先后牺牲，在总攻开始瞬间，“神秘炮群”暴露在我射程之内......